宫腔内有小囊肿需要结合女性的年龄大小、是否有性生活、是否有停经史以及是否有慢性腹痛来决定处理方式。

如果是有性生活的育龄期女性出现月经推迟，超声检查提示宫腔内有小囊肿，这种情况首先需要做HCG进一步明确诊断。如果HCG明显增高，这种情况考虑是怀孕了，小囊肿考虑是早期尚未发育出卵黄囊以及胎心、胎芽的孕囊，需要等待一周左右复查超声，观察孕囊的情况。

如果HCG位于未孕的正常参考范围内，考虑有可能是子宫内膜炎症造成的小囊肿，这种情况需要进一步查体了解是否有腹部压痛以及疼痛的严重程度。

如果腹部压痛明显，建议给予敏感的抗菌素治疗。如果是腹痛症状不明显，可以对症口服除湿祛瘀的中成药物消炎治疗，治疗后再复查超声，了解宫腔内变化情况。