囊肿和脓肿的区别在于发病原因、临床症状治疗方案等。首先在于发病原因，囊肿发病原因不明确，脓肿发病多在炎症、外伤、病毒感染等情况下诱发。

另外，如果囊肿发生破裂出血，也可能演变为脓肿。其次在于临床症状，囊肿患者一般临床症状不明显，在囊肿发展迅速后，可能会产生压迫症状，而脓肿患者多出现高热、寒战、病变部位疼痛、皮肤温度升高等情况。

最后在于治疗方案，对于囊肿患者，多以定期随诊复查为主，在囊肿比较大以后，再考虑手术治疗，而脓肿患者需要及早采用抗生素抗炎治疗，同时要将脓液清理干净，促进患者恢复。