孕5个月肚子隐隐作痛，原因有以下几点：

1.考虑跟体内激素水平有一定关系。在激素的刺激下，可能会导致腹部隐隐作痛。

2.部分孕妇在怀孕期间腹部隐隐作痛，可能跟胎儿逐渐增大有一定关系。由于子宫增大，可能会对周围的韧带组织产生牵拉，因此会出现疼痛反应。

3.怀孕期间如果经常进行体育运动，经常过度劳累、熬夜，可能会对子宫产生刺激，导致肚子隐隐作痛。

4.孕5个月肚子隐隐作痛，也有可能是出现了先兆流产或早产，需要及时就医调理、治疗。