怀孕3个月肚子隐隐作痛，如果没有其他症状，可能是生理性腹部疼痛。因为此时胚胎发育不太稳定，并且雌激素比较多，可能导致韧带有牵拉感，就会导致腹部出现隐隐作痛的症状，通常在休息后会自行缓解，并且不会经常出现。

如果孕妇没有合理膳食饮食也不规律，有可能会导致胃肠疾病也会引起肚子疼痛，可能还伴有恶心、腹泻等症状。应当对日常的饮食结构和饮食规律进行调整，清淡饮食以保证营养均衡。

如果肚子隐隐作痛还伴有阴道出血的情况，应当警惕为先兆流产，需要就医进行检查和治疗。