慢性扁桃体炎的主要并发症是：由于长期受扁桃体隐窝内细菌和毒素的影响，发生变态反应，可产生各种并发症，如风湿性关节炎、风湿热、心脏病、肾炎、长期低热等。

为了防止并发症的发生，平时适当加强体育锻炼，增强体质，预防受凉感冒发生。

饭后必须漱口，防止食物残渣残留，多食用容易消化、吸收、富含维生素的食品，不要进食辛辣刺激性的食物，以免刺激扁桃体，感染发炎。扁桃体发炎期间，在医生指导下使用敏感的抗生素治疗。