肝包虫囊肿的手术治疗方针，是通过手术治疗清除肝内的内囊，还要防止囊液外溢，印有有可能导致再复发，还有消灭残腔。

手术主要的是进行内囊的摘除术，临床上最常用的方法就是适用于没有感染的患者。切口一般选择在上腹部包块隆起最为显著的地方，将囊液洗干净，把内囊切口做内翻，进行缝合，可以起到消灭残腔的效果。

合并感染的患者，应该进行引流术，通过引流将坏死组织完全引流出，不过这种治疗方法比较少见，仅适合于个别的存在继发感染的患者。