阴茎上出现很多小水疱，最常见的疾病是生殖器疱疹，这是一种因为感染单纯疱疹病毒所导致的性传播疾病。

在急性发作期除了出现小水疱之外，还会有局部轻微的灼热、疼痛感觉，有的还会有低热、乏力等类似病毒性感冒的全身症状。生殖器疱疹是否发病，和身体免疫力有很大的关系，有很多生殖器疱疹会因为人体抵抗力低下反复发作。

另外，在包皮或者尿道口见到的水疱，有可能是包皮或者龟头部位的小囊肿。这种囊性肿物一般没有明显的临床症状，小囊肿也不需要特殊治疗。