气管食管瘘如不及时治疗会造成呼吸衰竭，因为食管气管有瘘口，食管气管相通，食管内容物会反复漏入气管，造成肺部感染，堵塞支气管。

因为瘘口的存在，气管内持续会有带细菌的食管内容物进入，因此患者会持续有肺部感染，甚至如果患者食物残渣进入气管会堵塞患者支气管，出现肺不张。

因为患者持续肺部感染伴有肺不张，血氧交换受影响，患者血氧下降，随着病情的继续进展，肺部感染加重，最后会出现呼吸功能衰竭。