阴茎根部有很多疙瘩，可能为阴茎硬结症所引起。该病比较严重时可导致患者的阴茎海绵体产生硬结，通过触摸可摸到较多疙瘩一样的物质，通常与慢性炎症形成的累积性损伤有关。

还可能为脉管炎所致，常见于血管炎或淋巴管炎，临床上可统称为脉管炎。由于脉管部位存在炎性反应，炎性产物不断刺激，容易导致阴茎局部形成硬结，常被人们称为硬疙瘩。

此外，还可能为毛囊炎所致。由于阴茎部位处于隐蔽位置，如果平时经常穿紧身裤子，很容易导致阴茎部位长时间处于潮湿，容易引起毛囊炎，可在阴茎局部出现较多的疙瘩。