肠瘘形成与受到外伤、肠道感染、手术、肠道肿瘤等因素引起。

在临床比较常见的是做了手术后，引起严重的并发症，形成肠瘘。肠道发生炎症疾病，例如克罗恩病、溃疡性结肠炎，由于炎症的反复刺激，造成肠道黏膜受损，最终也有可能会形成肠瘘。肛管受到损伤引发炎症，导致局部出现缺血坏死，最终也可形成肠瘘。

肠道长了肿瘤，由于癌细胞对局部的组织造成浸润，发生糜烂，也可形成肠内瘘或肠外瘘。一旦确诊肠瘘，需要积极给予治疗，否则病情会进一步加重。