舌咽神经痛的发病原因主要有下面这几种：

1.因为大脑颅内出现占位，导致舌咽神经痛，如果是大脑内部出现胆脂瘤、脑膜瘤等，就会给舌咽神经形成很大的压迫感，从而导致舌咽神经痛的出现。

2.血管压迫导致，通过观察发现，当人体小脑后部的小动脉血管给舌咽神经造成强大的压迫感之后，也是会导致舌咽神经痛问题出现。

3.其它因素，现在临床上还有少部分的舌咽神经痛患者没有非常明显的病因，通过相关的影像检查也没有发现任何的异常。