黏膜白色海绵状痣吃有抗感染作用的四环素、青霉素、制菌霉素、阿奇霉素以及抗过敏作用的抗组胺药，如氯雷他汀、异丙嗪有效，除此之外也可以选择局部涂抹全反式维A酸、氯己定、依沙吖啶等药物。

药物治疗效果不佳时，可选择局部手术切除，能够完整切除的皮肤损伤，对于小范围的病变组织，也可选择液氮冷冻或激光疗法等物理治疗方式。经过正规治疗后，黏膜白色海绵状痣可以治愈，这是一种良性病变，通常不会恶变，愈后良好。

日常生活中注意皮肤黏膜卫生，做好婚前体检、孕前体检、产前体检、遗传咨询，可以有效减少黏膜白色海绵状痣的发生。