小便疼痛、尿分叉的原因有很多，这是泌尿系统疾病的常见症状，主要有以下几种情况：

1.尿道肿瘤：尿道肿瘤可位于尿道外口以外或者尿道内部，当尿流通过肿物时，引起尿流受阻，出现尿分叉的症状，同时有梗阻的感觉。

2.尿道结石：结石会引起疼痛的表现，当尿流经过结石时还可以引起分叉。

3.前列腺增生、前列腺炎：这是男性特有的疾病，前列腺不同叶的增生导致尿流通过时引起分叉，还可以伴随尿频、尿痛、排尿困难、血尿等症状，所以需要积极控制和治疗就可以。