一般是因为下尿路出现梗阻性的疾病，从而导致尿液经过时出现分流。

在男性中，前列腺炎及前列腺增生时，因尿道从前列腺中间通过，可以导致排尿时尿流受阻，从而出现小便分叉。当尿道内存在尿道结石及尿道异物时，可因结石及异物的堵塞，导致小便出现分叉。当男性有包皮过长时，可有阴毛卷入尿道外口，从而出现小便分叉的现象。

女性中最常见的导致尿道分叉的疾病是尿道外口肿物、尿道肉阜以及尿道结石。以上疾病均可以导致排尿时堵塞，从而导致排尿时出现分叉的症状。