脑干出血手术的风险非常大，因为本身脑干出血的病情就非常的严重。有些时候患者的生命体征都不稳定，这种情况下进行手术风险就更大。有时候麻醉的时候就可能会发生意外，导致心跳停止。

另外脑干本身的体积非常的小，又有出血这种情况下，位置又比较深，进行手术有可能就会损伤到重要的神经功能区域，有些时候会导致呼吸循环障碍，引起心跳骤停。

当然，大部分的情况下，手术完了以后，患者还要恢复，在这个过程当中有可能还会有一些并发症的问题出现，比如中枢性的高热、水电解质功能的紊乱等。