拔完智齿头疼得厉害的原因包括：

1.拔牙过程中手术创伤较大，创面覆盖的血凝块过早松动脱落，暴露牙槽骨壁并发生细菌感染形成干槽症，创口不断分泌脓性液体，散发腐臭，产生的剧烈疼痛放射到头面部，服用止痛药物也无法缓解。

2.拔除上颌智齿时，造成上颌窦穿孔，形成窦内感染，大量细菌在上颌窦腔内繁殖，造成颌面部肿胀和头疼。

3.拔除下颌智齿时，切割了大量骨质，有时损伤粗大的神经和血管，产生的疼痛会放射到同侧上下后牙及颌面部。