一般病情比较轻微的森林脑炎，通过合理系统化的治疗，可以达到治愈。

但如果病情比较严重，而且由于某些原因没能及时治疗，就很可能会遗留一些后遗症，更有可能会威胁到生命安全，所以针对森林性脑炎应做到早诊断、早治疗，避免拖延治疗的时间。患者可应用抗病毒的药物，同时配合应用降低颅内压的药物，联合用药，治疗效果较好。

病情比较轻微的患者通过积极的治疗，愈后效果较好，仅有少数患者可能会遗留精神障碍、癫痫或肌肉萎缩等后遗症。如果是重症患者，一般会出现呼吸困难、吞咽困难等表现，死亡率较高。