小便时尿道刺痛感常由尿道里感染引起。尿道里炎性充血的黏膜受到尿液刺激，引起刺痛感觉，常见的致病菌是支原体、滴虫等。该类致病菌具有一定传染性，治疗未愈的情况下暂不能安排同房，可有效预防性伴侣生殖道、尿道被传染。

尿道内大肠杆菌感染也可导致尿道刺痛感觉。前尿道内结石或者结石伴随感染，也可引发尿道内刺痛感觉。症状发生跟结石的机械性损伤，以及尿道内炎性水肿有关。

尿液常规化验、泌尿系统彩超、尿道口分泌物涂片等检查，可明确尿道内刺痛、感染疾病的原因。