自然流产与子宫畸形有非常大的关系。当女性生殖器结构发育异常、子宫畸形时，首先会影响受精卵的着床发育，导致流产。

还会表现为受精卵着床发育之后，在生长过程中，因为宫腔容量不足、空间狭小，发生自然流产。常见子宫畸形，包括子宫发育不良、单角子宫和纵隔子宫比较常见。

双子宫以及双角子宫虽然在临床少见，但它导致流产的几率更高。宫颈畸形也属于子宫畸形的范畴，宫颈发育不良、机能不全，也会导致孕囊着床后早期流产。