可能引起肛瘘的原因有便秘、腹泻、异物损伤等。便秘时大便会干结质硬，在通过肛隐窝时就会划伤肛隐窝的组织，导致细菌感染。感染加重后会在肛门周围形成肛周脓肿，脓肿的脓液流出，脓腔收敛就逐渐形成肛瘘。

腹泻时，水样大便很容易存积在漏斗状的肛隐窝处。细菌数量明显增多，超过了机体的自身防御功能，从而发生细菌感染。最终，也会形成肛周脓肿及肛瘘。

异物损伤一般是指在进食排骨、鱼刺后，这些难消化的异物经过肛隐窝时刺伤肛隐窝。从而继发细菌感染，逐步就会形成肛瘘。