复杂性肛瘘是指有两个或两个以上的内口，或瘘管，或外口。形成肛瘘的原因是，肛隐窝内存积了粪便和异物等容易导致感染的物质，继发的炎症刺激使肛腺开口扩张、松弛，失去收缩力。

外界的细菌即可趁虚而入，引起肛腺炎。炎症可沿着肛腺导管蔓延，逐渐形成肛门直肠周围的炎症，继而形成肛周脓肿，肛周脓肿破溃后就形成了肛瘘。所以各种导致肛腺发炎的原因，也是导致复杂性肛瘘发生的原因。

日常生活中应避免便秘或腹泻，进食营养清淡的饮食，禁食辛辣及饮酒。避免肛门受凉及受伤，注意保持肛门周围的清洁。