卵巢巧克力囊肿，可以服用短效避孕药。因为这些药物可以降低垂体促性腺激素水平，可以引起子宫内膜萎缩，导致月经量减少，长期连续用药可以引起人工闭经，从而使得巧克力囊肿缩小。

另外，也可以选择孕激素或者孕激素受体拮抗剂，人为造成闭经，从而让囊肿萎缩。还有一种药物为雄激素抑制剂，它可以抑制卵巢合成甾体激素，也可以让子宫内膜萎缩、卵巢囊肿缩小。

这些药物适合于有生育要求、卵巢囊肿体积较小的患者。但是，药物效果差或者囊肿体积大于4公分时，一般需要手术治疗。