主要需与关节结核和其他非感染性关节炎鉴别。关节结核发病较缓慢、病程长、局部症状和功能障碍不如化脓明显。患病关节骨破坏常呈边缘性小缺损，而且常上下对称，有较明显的骨疏松，关节间隙呈缓慢狭窄，骨增生不如化脓严重。晚期骨端可破坏严重，关节半脱位或全脱位，而且很少发生骨性强直。

其他非感染性关节炎，风湿性关节炎。一般病情较轻，发热较低，局部症状也较轻，病变部位在关节，而且常有多个关节受累。风湿病与化脓性关节炎都是关节疾病，疼痛部位在关节，风湿性关节炎、类风湿性关节炎有关实验室检查可协助鉴别。

关节内穿刺抽液检查，可快速作出正确诊断，以成年人或青年人多见，也大都缺乏急性病程和严重的骨破坏。