随着医疗技术的发展，室间隔缺损手术的安全性有了明显的提高，但是相对于非心脏手术，其安全性仍然偏低，该手术的安全性与多种因素有关。

据统计该手术的死亡率，目前在许多医学中心，已逐渐下降到1%以下，甚至大龄单纯室间隔缺损手术死亡率接近零。

但多发性室间隔缺损和有心脏畸形并存的室间隔缺损手术死亡率仍然比较高，这一类的室间隔缺损手术死亡率为5%到10%。

患者年龄越小、病情越重，手术死亡率也越高；肺动脉压力越高的患者，死亡率越高。