肉孢子虫病中肉孢子虫可以以中间宿主形式使人致病，致病的肉孢子虫已知有两种，一种是猪-人肉孢子虫，另一种是牛-人肉孢子虫，因为能寄生在人体小肠，合称为人肠肉孢子虫者。以人为中间宿主，会寄生在人肌肉组织。

当人误食肉孢子虫包囊而成为宿主被感染后，会侵入小肠黏膜杯状细胞，经配子生殖再移行固有层内行孢子生殖，然后发育为成熟卵囊，排出体外。

当人误食排出的粪便中的成熟卵囊时，就会受到感染，在其肌肉组织中存在肉孢子囊而发病。