牙根上面的肉发黑的原因包括：

1.牙颈部形成楔状缺损或龋洞时，如果使用银汞合金充填，银颗粒可能会渗透到附近的软组织，导致牙龈发黑。

2.牙冠发生缺损后，采用金属烤瓷牙冠修复时，金属内冠含有的金属离子较为活跃，会与牙颈部的龈缘结合，形成黑线，影响美观。

3.吸烟量过大，烟草燃烧时会使牙龈或口腔黏膜附近形成黑褐色的色素沉着。

4.某些患者体内含有重金属，如铅或铋等，可在牙龈附近形成黑线。

5.牙颈部长期的大量结石会刺激牙龈肿胀出血，严重时，造成牙龈糜烂、颜色发黑。