目前对于肉芽肿性前列腺炎的病因，尚不明确，但是肉芽肿性前列腺炎往往是继发于泌尿系感染，经尿道前列腺电切术，或开放性前列腺切除、术前列腺穿刺活检及卡介苗膀胱灌注治疗之后。

所以肉芽肿性前列腺炎被认为是可能为自身免疫性，导致的一种针对前列腺分泌物中蛋白质的反应性疾病。

目前认为主要是针对前列腺特异性抗原。此外，在急性的非特异性前列腺炎，伴有局部的超敏反应之后，也可以出现肉芽肿性前列腺炎。在结核分支杆菌、真菌、病毒和寄生虫感染之后，可以引起特异性的肉芽肿性前列腺炎。