对于肉芽肿性前列腺炎的诊断，主要依靠临床症状和辅助检查来判断，在下尿路手术，如经尿道前列腺电切术、泌尿系感染、膀胱灌注化疗等之后出现。

会出现下尿路的症状，比如排尿困难和尿频、急性尿潴留、血尿，并排除了是以上疾病所导致的，此时应考虑存在肉芽肿性前列腺炎。

大约有1/5的肉芽肿性前列腺炎患者有三联症、突发高热、前列腺炎症状、无痛性前列腺弥漫或结节性肿大，查体可发现前列腺坚硬而无疼痛，行细胞学检查可发现上皮性肉芽肿，必要时需行穿刺活检。