慢性肾小球肾炎的病因目前不明。起病前大多有上呼吸道感染或其他部位感染，而少数慢性肾炎可能是由急性链球菌感染后肾炎演变而来。但大部分慢性肾炎并非由急性肾炎迁延而来，而是由其他原发性肾小球疾病直接迁延发展而成，起病即属慢性肾炎。由于慢性肾炎不是一种独立的疾病，其发病机制各不相同。大部分是免疫复合物疾病，可由循环内可溶性免疫复合物沉积于肾小球，或由抗原与抗体在肾小球原位形成免疫复合物，激活补体引起组织损伤。也可不通过免疫复合物，而由沉积于肾小球局部的细菌毒素、代谢产物等通过旁路系统激活补体，从而引起一系列的炎症反应而导致肾小球炎症。