直肠镜可以检查出肛窦炎。因为肛窦炎发生在肛管内肛窦处，位置低，直肠镜主要检查直肠内的病变，检查时要通过肛管检查直肠，可以查到肛管处肛窦炎。

但是直肠镜检查肛窦炎，目镜观察肛管处病变时有一定的距离，所以直肠镜检查不是肛窦炎的首选检查方法。

肛窦炎首选的检查方法是肛门镜检查。肛门镜下可清楚观察到肛隐窝加深，肛窦处充血、水肿。急性期可见脓血性分泌物，触痛明显。