女性在怀孕初期发烧39℃，需要根据病情以及胚胎发育的情况决定：

1.如果及时给予退烧、消炎药物进行治疗，胚胎发育好、没有异常的情况，可以要孩子，先暂时观察以后，定期做好产科检查。

2.如果是发烧39℃，持续的时间较长，尤其是在胚胎受精后的3~8周内出现先兆流产、胚胎停育的情况，不能再要孩子，否则很容易导致胎儿发育不良、发育畸形、死胎等几率增高。

因此，女性在怀孕初期要注意身体的健康，适当多休息，增加饮食营养供应，避免细菌的感染，有利于减少发烧，帮助胚胎的生长发育。