查加斯病在急性期可用新鲜血液涂片或悬滴法，或厚图片吉姆萨染色法镜检。慢性期可用虫媒接种法，也可用动物接种法，或用肿大淋巴结活体检查找无鞭毛锥虫体。

脑膜脑炎患者可以进行脑脊液的检查。血清学检查可以在急性期检测lgM抗体，慢性期检测lgG抗体。

x线检查做钡餐造影可以发现表现为食管的高度扩张和远端食管变细，形成特征性的鸟嘴样征。

另外还可以做食管测压检查。