耳根两边疼可能是由于耳根结构损伤或者局部感染等原因导致。当患者耳根被外力撞击或者尖锐的物品刺伤时，该部位的结构会出现不同程度的损伤导致患者耳根两边出现疼痛的症状，部分患者还可能出现肿胀以及流血等情况。

除此之外，当患者不注意耳道卫生使耳道内感染细菌时，会导致炎症反应的出现，这种情况下也可能出现耳根两边疼的症状。

患者出现上述情况后最好去医院检查，明确具体的原因并选择合适的方法进行控制，对于缓解症状很有帮助。