肩胛骨两边疼可以由以下几种原因引起：

1.脊柱两边的肌肉的劳损或者是筋膜炎而导致。这时可以出现肩胛骨两边的疼痛，要注意查体以及检查胸椎的X线片或肺的CT进行诊断，排除其他的疾病，早期治疗。

2.胸椎的小关节的病变而导致。比如小关节的紊乱，就可以出现后背肩胛骨两边的疼痛，这时在查体时，可以有关节处明显性、叩击性的疼痛、压痛以及胸部活动的受限。要根据病人的病史、查体以及检查脊柱的CT、核磁共振、X线片等进行诊断和早期的治疗。

另外，其他的原因，比如肺部的疾病，也可以放射性出现后背部肩胛骨两侧的疼痛，要检查肺部的CT诊断和治疗。