对于慢性肾盂肾炎的诊断，医生可以依据尿路感染的病史，可以发现患者真性细菌尿，这是最重要的依据。

但是对于慢性肾盂肾炎患者还可以做一些影像学的检查，可以发现患者肾脏结构和功能发生改变，例如结构的改变可以通过B超发现患者肾脏体积变小，并且凹凸不平、有纤维化。

静脉肾盂造影可以见到肾盂肾盏狭窄变形，功能的改变主要体现在早期出现肾小管功能损害，可见尿浓缩下降。晚期出现肾小球的损害，逆行引起肾功能下降。一般可以通过尿路感染病史，并且结合影像学的特异性的表现，都可以做出临床诊断。