黏液腺囊肿发生的原因，包括损伤因素、异物刺激以及结石因素等。

首先，在咀嚼以及吃东西的时候，如果食物质地比较硬，比如鱼刺或者骨刺，有可能会导致小的黏液腺受到损伤，继而造成大量渗出液进入组织间隙，造成肉芽组织以及纤维组织因为受到不良刺激而出现增生，黏液被包裹以及局限以后就会产生外渗性囊肿。

其次，如果腺体导管中存在异物或者结石，就会造成分泌的黏液没有办法排出，积聚在腺体中引起腺体增大，产生潴留性黏液囊肿。