头痛做CT还是磁共振，应根据引起头痛的原因对症选择。

如果是由于急性外伤造成的头痛，应先进行头部CT检查，排除颅内出血或颅内损伤。如果是由于其他原因引起的头痛，建议进行磁共振检查，有利于更好地明确是否为血管神经病变引起的头痛。

两者都是临床上比较常用的影像学检查方式，目的用来观察病人脑部的结构。两者的成像原理以及影像特点不同，与CT相比磁共振有更多的优势，比如分辨率相对较高、辐射较小，对于病人造成的损害较小。因此，出现头痛症状时，应由医生指导对症进行头颅CT或核磁共振检查。