头疼是做CT还是核磁共振，要根据具体情况决定。

如果属于外伤因素导致的颅脑损伤，怀疑颅骨骨折或者脑出血等，建议做脑部CT检查，能够明确具体骨折情况以及颅内出血情况。而且脑CT检查时间相对较短，对于有外伤的患者配合度较核磁共振好一些。

如果没有外伤史，为了更加清晰显示颅脑情况，比如脑肿瘤、脱髓鞘病变、中枢感染性疾病、癫痫、脑干、小脑病变等，建议做核磁共振检查。因为核磁共振显示的影像非常清楚，尤其是确定颅内肿瘤性质、颅内灰白质病变等，显示情况要优于脑CT检查。