肛瘘长期不治疗，可以引起很多的危害。比如可以导致脓肿向深部发展，形成深部肛周脓肿，引起全身性症状，比如发热、乏力、失眠、食欲不振、身体消瘦和贫血、便秘等情况，很可能形成脓毒血症或者感染性休克。

单纯性肛瘘进展形成高位复杂性肛瘘，引起肛门直肠环纤维化，进而形成大便困难、大便失禁、大便变形等情况。

肛周皮肤受到肛瘘反复排出脓液的刺激，可以形成肛周皮肤感染，肛周湿疹甚至肛门癌的发生，所以肛瘘需要及时治疗。