肛瘘可能对身体产生很多严重的危害。首先肛瘘是一种感染性疾病，如果感染严重时，患者会有肛门周围疼痛难忍，同时伴有发热、畏寒等全身感染症状。局部形成脓肿后，脓液长时间积存在体内，毒素吸收入血，可能会导致患者出现脓毒血症，进而发生感染性休克，严重的会导致死亡，这是肛瘘最严重的一种并发症。

肛瘘如果病史过长，瘘口处反复滴淋不断的流出脓液，甚至是粪便，刺激肛周皮肤，发生肛周湿疹，严重影响生活、工作和学习。