扁桃体两边如果有肉疙瘩存在，可以通过下列几种方式处理：

1.扁桃体两边的肉疙瘩，如果是病毒感染所引发的乳头状瘤的病变表现，可以通过服用阿昔洛韦或者是干扰素等抗病毒类的药物，配合治疗。局部已经发生的乳头状瘤，如果长时间不能好转，还可以通过手术切除的方式处理。

2.如果是因为扁桃体的慢性炎症，造成的扁桃体肿大所引发的类似肉疙瘩的现象，通常可以在良好的抗炎治疗的基础上，通过手术切除扁桃体的方式处理。