肛窦炎需要与肛瘘内口鉴别，肛瘘内口多在肛隐窝内，肛门镜检查时，用组织钳牵引瘘道的外口可见肛瘘内口因被牵动而明显凹陷，触诊时可扪到瘘道呈索状物至齿线处。探针由外口缓缓的插入，可从内口探出，稍用力按压瘘道，有稠厚的脓血水流处，而肛窦炎，无以上所见。 肛乳头炎需要与直肠息肉相鉴别。直肠息肉位于直肠的中下段，蒂小而长，顶部大呈球形，覆盖黏膜，色泽鲜红或者紫红，质软，不痛，表面呈细颗粒状，触之易出血。

肛乳头炎生于齿状线附近，呈锥形，覆盖上皮，色泽淡黄或者乳白，质地坚硬，光滑，有压痛，不易出血。

肛乳头炎继发病变为肛乳头状纤维瘤，可以和直肠息肉相鉴别。