巧克力囊肿也就是子宫内膜异位症，这种疾病是会引起腹痛的。腹痛的主要原因是由于异位的子宫内膜，随着激素水平的下降，每次来月经的时候就会出现出血，所以就会引起腹痛的。

随着时间延长，病情的加重，在不来月经的时候也会出现腹痛，是由于周围组织粘连、囊肿的增大引起的。有时候巧克力囊肿如果出现破裂，就会引起严重的腹痛。

所以，如果是巧克力囊肿比较大或者是出现了巧克力囊肿破裂，是必须要做手术治疗才能够缓解腹痛的。