肛门失禁主要于一下因素有关，首先先天因素，例如，脊柱裂、先天无肛症等。

其次，手术或外伤因素，例如，在高位复杂性肛瘘手术中造成肛管直肠环损伤，使肌肉或神经损伤，可导致肛门失禁。还有就是产妇生产时导致的会阴或肛门损伤。

还有可能一些神经性损伤，也能导致肛门失禁，例如中枢神经或脊柱神经损伤，就鞥导致肛门失禁。还有就是某些，神经紧张、惊吓、中风，这种情况也能出现肛门失禁。