引起肛门失禁的病因比较复杂，常由多种因素共同作用所导致，其中既有先天性的，也有后天性。既有解剖学原因，也有功能性因素。常见的病因主要包括以下几个方面。

1、解剖学异常，医院性损伤、阴道分娩时、会阴部损伤、骨盆骨折、肠切除手术后、肛门撕裂、直肠脱垂、内痔脱出等。

2、先天性异常，先天性肛门直肠畸形，尤其是先天直肠闭锁，肛门闭锁、直肠发育不全、脊柱裂、脊髓脊膜膨出等先天性疾病，均可造成肛门失禁，先天性肛门直肠畸形手术修复不当，无论是高位还是低位畸形，局部仍存在括约肌组织，在修复手术时，要重视括约肌的处理，直肠要通过肛门直肠环，避免术后发生肛门失禁。

3、神经源性，包括有神经性比如老年性痴呆、脑动脉硬化、脑萎缩、运动性共济失调、神经发育迟缓和镇静状态等。中枢性，比如脑卒中、脑肿瘤、脊柱损伤、多发性硬化、脊髓瘤和脊柱裂等。外周神经系统受累，比如马尾神经损伤、多发性神经炎等。

4、平滑肌功能异常，比如直肠顺应性异常，在常见的疾病中有放射性肠炎、炎症性肠病、直肠缺血、粪便嵌顿等。

5、骨骼肌疾病，比如重症肌无力肌、营养不良、硬皮病、多发性硬化等。以上均是引起肛门失禁的原因。