新生儿心脏肿瘤可引起房室瓣梗阻，左右室流出道梗阻而导致心脏血流动力学改变有关，范围较大的还可引起心肌收缩功能减退。

心律失常是小儿横纹肌瘤最常见的表现：包括完全性房室传导阻滞和药物难以控制的室性心动过速。具体表现有室上性或室性心律失常以及房室传导阻滞，另外也有以反复咳嗽、呼吸道感染或频发抽搐为首发症状的患者，部分患儿可合并重症肺部感染或发生心脏猝死。

但新生儿心脏脏横纹肌瘤会在婴儿时期部分或全部消退，不会表现出特殊症状。