纵隔囊肿手术后发生咳嗽考虑两种原因：

第一，在切除纵隔囊肿的过程中对切管造成了刺激，气管位于纵隔之内，纵隔的囊肿可以紧临气管，而且纵隔囊肿还会压迫气管发生呼吸困难的症状。在切除纵隔囊肿之后，在纵隔内会出现炎症和水肿，会对气管造成刺激，可以发生咳嗽的症状。炎症消退之后症状会逐渐的缓解。

第二，患者在进行纵隔囊肿手术之后，可能并发了呼吸道感染。呼吸道感染之后或者也可以出现咳嗽的症状，需要给患者进行对症治疗。