纵隔囊肿术后可以发生食管瘘。有些患者的纵隔囊肿可以累及患者的食管，比如先天性的纵隔食管囊肿，手术的过程中可能会对患者的食管造成损伤，导致患者手术后发生食管瘘。

有些患者可以发生气管瘘，有些患者的纵隔囊肿可以位于气管壁的位置，导致患者发生纵隔气管囊肿，手术切除囊肿后可以导致患者发生气管瘘。

有些患者的纵隔囊肿可能会靠近胸椎的位置，手术切除的过程中可能会导致发生胸椎的损伤，导致患者术后出现胸椎疼痛的症状，有些患者还可以出现其它的后遗症，比如胸痛。