颅骨骨母细胞瘤的发病机制目前不详，临床上主要考虑与两种因素有关。

一、是病毒感染，有些病毒感染人体后会在人体内长期潜伏，病毒可以对人体的骨细胞造成刺激，导致骨细胞发生变异，使骨细胞的性质发生改变，骨细胞的生长方式会发生很大的变化，快速生长并具有转移的特性。

二、是有可能是血管发育异常导致的。颅骨骨母细胞瘤不是骨母细胞瘤的高发部位，主要的临床表现是颅骨的局部肿胀，预后相对较好，早期如能及时手术治疗，很少复发。