早期肛瘘时，一般会在肛门周围出现异常表现。如在肛门周围皮肤上距离肛缘很近，会出现乳头状的凸起或者是凹陷。

凸起的颜色可能是白色的，凸起处的皮肤会反复破溃，流出脓血样物。有时甚至是粪便，从而污染内裤，还可能导致发出恶臭味。用手可摸到凸起的地方，有条索状物通入到肛内，用力按压条索状物时可能有疼痛感。

早期肛瘘时，患者还有可能伴随有肛周轻微胀痛不适感。饮食上如果不注意，吃了辣椒等辛辣刺激性食物后可能会加重。